全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。
如何选型，才能获得性能较好的菌落计数仪，并取得高性价比呢?这得从该类仪器的原理来解释。现今面市的所有全自动菌落计数仪均是采用成像分析法实现自动计数的，即由成像硬件+分析软件所组成，这二块内容的任何一块上出现失分，都会严重影响计数分析结果的稳定性。
一、成像硬件的选型
成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像的、扫描成像的。由摄像头拍照成像的优点是:成像速度快，能确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是:能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3~4秒的时间。
然而，拍照成像的致命弱点是:成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，想要做到图像中心与边缘保持*一致，相对来说比较困难。从而引起平皿上亮度的不一致。
针对环境光干扰成像方面，通过对仪器照明系统进行精密的设计，上下光源采用了宽光带的LED柔光系统，并结合"悬浮式暗视野"成像系统，不仅能够消除玻璃培养皿的折射光斑，而且通过改变光比，使得菌落表面的皱折、凹陷、边缘的锯齿更富立体感。
扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，光线强度相对比较均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的上解决了菌落目标的亮度不匀问题，但扫描只是平面的效果，不能展现培养基表层和深层的细微菌落，且不能展现菌落颜色等多方面的情况，对于观察分析而言构成了一定难度。
二、分析软件的选型
分析软件是全自动菌落计数仪 的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑:对于各类成像干扰的自动排出能力。
比如:是否能自动矫正背景，等等。另外，对于严重粘连在一起的团装、链状分布菌落，将其自动分割开来的水平，也是评价分析软件的考量指标。尤其是:对于同类菌落的"一键"化的智能分类计数能力，以及对于菌落计数分类的自动识别学习能力，更是评价分析软件的关键考量指标。
现在比较好的分析软件，具有图像处理、图像编辑、统计功能、测量功能、数据库管理、以及对抗生素效价分析、药敏分析功能、多培养皿统计、螺旋平皿统计等一系列功能。
